Pierwszy raz WIOŚ chojnicką spalarnię kontrolował w 2012 roku, odpowiednio w marcu i listopadzie. Inspektorzy wykryli nieprawidłowości polegające m.in. na przekroczeniu norm spalania i naruszeniu zasady bliskości (to znaczy, że w Chojnicach spalano odpady wytworzone na terenie innych województw niż pomorskie - przypis red.). Jak informowaliśmy przed pięcioma laty, w chojnickiej spalarni w ciągu godziny unieszkodliwiano 1067 kg odpadów, przy zdolności przerobowej dziesięciokrotnie niższej (w pozwoleniu 100 kg/h).

Wyniki kontroli zaniepokoiły pomorskiego inspektora na tyle, że o możliwości popełnienia przestępstwa, polegającego na niezgodnym z prawem zagospodarowaniu odpadów medycznych i weterynaryjnych, gdyż chojnicka spalarnia nie jest w stanie spalić tak dużej ilości odpadów, zawiadomił Prokuraturę Okręgową w Gdańsku. Zwrócił się również do marszałka, by wszczął postępowanie w celu cofnięcia lub ograniczenia swych decyzji dotyczących prowadzenia m.in. spalarni w Chojnicach. Na sesjach rady powiatu temat drążyła opozycja, czyli radni PiS-u, a Marek Szczepański, wtedy członek zarządu powiatu, polecił Leszkowi Bonnie przygotowanie opinii prawnej mającej dać odpowiedź na pytanie, czy nie zachodzą przesłanki upoważniające kierownictwo szpitala do rozwiązania umowy na dzierżawę spalarni ze spółką Emka.

Tę placówka zawarła w 2011 roku na okres 10 lat. W jej ramach wydzierżawiający zobowiązał się do bezpłatnego odbierania co miesiąc 7 ton odpadów od szpitala, płacenia za dzierżawę (roczny czynsz ok. 243 tys. zł) oraz do odsprzedawania energii cieplnej w cenie niższej o 25 % niż stosowana przez MZEC w kotłowniach gazowych.

Spółką Emka w kontekście spalania "wirtualnych śmieci" i składowisk "paliwa  alternatywnego" zajęły się wkrótce ogólnopolskie media.  Prokuratura po dwóch latach sprawę umorzyła, wobec braku danych ostatecznie uzasadniających podejrzenie popełnienia przestępstwa.

Kontrole spalarni w kolejnych latach (2013 - 2015 i 2017) nie dały lepszych rezultatów. Niedotrzymanie podstawowych parametrów technicznych instalacji odnotowano w każdym z kontrolowanych okresów, podobnie jak i unieszkodliwianie odpadów poza obszarem województwa, na którym zostały wytworzone. I tak np. w roku 2017 do chojnickiej spalarni trafiły odpady z województwa: śląskiego, małopolskiego, warmińsko-mazurskiego, mazowieckiego, kujawsko-pomorskiego, zachodniopomorskiego i wielkopolskiego. W tym samym roku inspektorzy odnotowali przekroczenie godzinowej wydajności instalacji. Wśród powtarzających się nieprawidłowości także niewykonywanie okresowych pomiarów emisji substancji do powietrza. Po każdej z sześciu odbytych kontroli WIOŚ nałożył na Emkę zarządzenia pokontrolne, łącznie sześć. - Obowiązki nałożone w zarządzeniach pokontrolnych w większości zostały wykonane - informuje Tomasz Żukowski, kierownik delegatury Pomorskiego WIOŚ. To w połączeniu z zestawieniem wyników przeprowadzonych kontroli brzmi jednak dość kuriozalnie. W końcu większość nieprawidłowości systematycznie się powtarza.